1986年，實行廠長任期目標責任制。

1987年，全面推行經濟目標責任制，建立全面質量管理體系，實行三級質量管理、二級檢驗分析制度，實行質量系數法考核計獎。成立“蘭州市中藥研究所”。

1988年， 確定了“以質量求生存、以品種求發展、以服務為宗旨”的經營策略。

1989年，先后在上海、深圳、海南、南寧、西安、溫州建立經銷部。

1991年，經濟效益經國家統計局評估名列甘肅省大中型企業第16位。

1991年，獲自營出口權，首次獨立經營中成藥出口業務，增加了中藥濃縮粉品種。

1992年，被國家勞動部列為百家崗位技能工資試點企業，實行崗位技能工資制，實行企業內部全員勞動合同制。

1992年2月28日，中美合作經營的南北藥業公司成立，作為甘肅省醫藥系統第一家合資企業，受到社會普遍關注。

1992年，中藥研究所獲準進入蘭州市高新技術產業開發區。

1993年，與美國美威行貿易公司全面合作，成立中美合資蘭州佛慈制藥有限公司。

1994年，攻克日本全浸膏丸和全細粉丸的工藝技術難關，為擴大日本市場銷量，增加創匯奠定了堅實的技術基礎。

實行質量一票否決制。

1996年，GMP制劑車間竣工投產，并通過澳大利亞TGA組織GMP認證，產品在PIC成員國得到認可。

公司質量部被國家中醫藥管理局授予“質量管理檢測先進集體”榮譽稱號。

1997年，佛慈濃縮丸系列中成藥經評審被認定為“隴貨精品”。

1998年，自行設計制造了一臺履式光丸助選機，在生產實踐中發揮了良好的作用。

1999年，通過中國國家藥品監督管理局GMP認證。

2000年，佛慈麥味地黃丸、鞣酸小檗堿原料及制劑、復方貫眾阿司匹林片等11個品種由地方藥品標準上升為國家標準，其產品質量標準被收載于《國家中成藥標準匯編—— 中成藥地方標準上升國家標準》。

2001年，首次在中央電視臺黃金時段投播產品廣告，培育出公司拳頭產品——佛慈六味地黃丸。

2002年，甘肅省出現第一條以企業名稱命名的大街——“佛慈大街”；啟用新包裝，對產品實施雙商標保護措施。

2003年，名列甘肅工業60強。“佛慈”商標在美國成功注冊。

2004年，花百膠囊獲得國家六類新藥證書。

2005年，著力開發烏克蘭市場，在該國完成40種藥品的注冊。

2006年，被國家商務部評定為首批“中華老字號”企業。

2006年，賈朝民董事長代表佛慈與蘭州市安寧區政府簽訂“佛慈醫藥工業園區”征地協議。

2006年12月19日 ，通過日本厚生省GMP認證。

2006年，獨立研發的擁有自主知識產權的國家中藥新藥花百膠囊及其他12個特色產品，成為國家藥品注冊標準。

2007年，提出 “營銷創新、制度創新、文化創新” 三大創新思想。

2007年7月，經蘭州市人民政府批準，啟動佛慈（IPO）股票首發上市工作。

實施CIS戰略。確立“國藥佛慈，慈心好藥” 核心廣告語。

2008年，全面實施“營銷創新、制度創新、文化創新”發展戰略。

2009年，獲得“甘肅省五一勞動獎狀”。

被甘肅省科技廳、財政廳、國稅局、地稅局認定為“高新技術企業”。

佛慈安寧醫藥工業園區開工建設。

佛慈《科學國藥——用藥指南》出版。

2010年，“佛慈”注冊商標被國家工商總局認定為中國馳名商標。

被國家科技部評定為“國家火炬計劃重點高新技術企業”。

2011年6月1日，正式向瑞典國家藥品管理局提交佛慈濃縮當歸丸歐盟藥品注冊申請；7月3日，成功舉辦“2011中藥歐盟注冊高層應對研討會”，發表《中藥國際化蘭州宣言》。

2011年8月，以佛慈制藥為依托單位的“甘肅省現代中藥制劑工程技術研究中心”獲甘肅省科技廳批準立項建設。

2011年12月22日，佛慈制藥股票在深圳證券交易所公開發行上市（股票代碼：002644）。

2012年2月，榮獲甘肅省人民政府2011年度“省長金融獎”。

佛慈《科學國藥——用藥指南》一書榮獲甘肅省人民政府頒發的第九屆“甘肅省優秀圖書獎”。

2012年12月22日，佛慈阿膠產品正式面市。

2013年，根據蘭州市人民政府的統一規劃安排，啟動實施“出城入園”搬遷改造，在第五個國家級新區——蘭州新區建設“擴大濃縮丸生產規模技術改造”項目。

2013年5月15日，佛慈制藥和瑞典斯德哥爾摩大學共同組建“中瑞天然植物藥和保健品研究中心”。